La respuesta gubernamental fue esta vez el aprisionamiento de Roca y Boloña, Tovar y otros tres párrocos diocesanos que también elevaron su voz de protesta. Embarcados en una nave de guerra en el puerto de El Callao, iban a ser enviados al destierro, cuando el arzobispo Goyeneche intercedió por ellos ante Prado, logrando que se les devolviera la libertad. Pero esto significó el cierre definitivo del periódico católico, cuyo último número lleva fecha del 17 de junio de 1866. Sin embargo, conociendo por estos sucesos la firmeza de Roca y Boloña en la defensa de la fe, el por entonces Presidente del Ecuador, Gabriel García Moreno, lo propuso para el obispado de Guayaquil, ofrecimiento que él declinó.

Realizó junto con su amigo, el diácono Manuel Tovar, un viaje a Roma, donde se entrevistó personalmente con el Papa Pío IX, quien lo nombró prelado doméstico suyo. De regreso al Perú, siguió desempeñando su ministerio sacerdotal. En 1870 le fue confiada la Provisoría de la curia eclesiástica. Durante el gobierno de Manuel Pardo fue designado miembro de la comisión encargada de elaborar el Reglamento General de Instrucción. En el desempeño de este cargo, logró evitar que los bienes del Seminario pasaran a la Caja de la Universidad. Discrepancias con el gobierno y con otros miembros de la comisión lo llevaron finalmente a retirarse de ella.

La Guerra del Pacífico (1879-1883), entre Perú y Chile, fue una de las circunstancias históricas que más le permitieron hacer brillar su abnegado valor y su inquietud por la justicia y el amor cristiano. Preocupado por la suerte de los heridos en batalla, organizó las ambulancias de la Cruz Roja; al frente de este servicio, no vaciló en protestar ante el Comité Internacional de la Cruz Roja en Suiza por el atropello cometido por los soldados chilenos al atacar los hospitales de sangre en la batalla de San Francisco (noviembre de 1879), contraviniendo así el derecho de guerra. Debido a su enérgica denuncia de ésta y de otras injusticias que pisoteaban el respeto debido al vencido, cuando el ejército chileno ocupó Lima (enero de 1881), Mons. Roca y Boloña optó por refugiarse en la serranía para evitar las represalias en su contra. Con la firma del Tratado de Paz de Ancón (20 de octubre de 1883) y el retiro de las tropas chilenas de la capital peruana (enero de 1884) pudo regresar a Lima. Convocado al Congreso Constituyente para aprobar la paz, fue elegido diputado por la capital; partidario de la paz, aun a costa de un doloroso sacrificio, hizo que los ánimos se resignaran a la cesión de territorio peruano que eligió el vencedor.

En 1886 le fue conferido el cargo de presidente de la comisión encargada de preparar las celebraciones del tercer centenario del nacimiento de Santa Rosa de Lima. El 30 de abril de 1886 pronunció un sermón panegírico de la santa limeña, donde, además de presentar unas hermosas y profundas reflexiones sobre el misterio de la Encarnación, alienta a los peruanos a sobreponerse a la adversidad de un país material y moralmente deprimido por la guerra, buscando apoyo en la fe y confiando en la intercesión de quien fuera la primera flor de santidad de América.

En 1892 se fundó en Lima el Colegio de Santo Tomás de Aquino, siendo su primer rector Roca y Boloña. Este, durante el acto de inauguración, pronunció un monumental discurso apologético del Doctor Angélico. Al año siguiente obtuvo la canongía teologal de Lima, y en 1898 el presidente Nicolás de Piérola lo promovió al cargo de dignatario del Cabildo de Lima. Ese mismo año, el 8 de diciembre, pronunció su último sermón, en la ceremonia de imposición del palio arzobispal a su antiguo amigo, Mons. Manuel Tovar. Retirado de toda actividad pública, consumido por la vejez y completamente ciego desde 1906, murió el 29 de julio de 1914.

Mons. Roca y Boloña es recordado como un orador de gran categoría. Son memorables su Discurso sobre la palabra, leído en la sesión inaugural de la Academia correspondiente de la Real Academia Española en el Perú, de la cual fue miembro; sus diversas Oraciones fúnebres, especialmente las pronunciadas durante la misa de exequias de José Gálvez --personaje ilustre muerto en el Combate del 2 de Mayo (1866)--, los que fueran Presidentes de la República José Balta y Manuel Pardo, y el contralmirante Miguel Grau, muerto heroicamente en el Combate de Angamos (8 de octubre de 1879) en la Guerra del Pacífico y de quien fuera amigo cercano; sus sermones en el 42° y el 50° aniversario de la Independencia del Perú, en el primero de los cuales desarrolla el concepto cristiano de libertad, examinando en el segundo los principios que confluyen al engrandecimiento de una nación: unidad, orden y sacrificio. Son también numerosos sus panegíricos en honor al Sagrado Corazón de Jesús, a la Virgen María y a los santos, en particular a aquellos que florecieron en suelo peruano: Santa Rosa de Lima, San Francisco Solano y Santo Toribio de Mogrovejo. Las más importantes de sus piezas oratorias, junto con varios de sus escritos, aparecen recopiladas en un voluminoso libro que lleva el título de Verba Sacerdotis.

Sería interesante realizar una investigación para reunir las piezas oratorias que han quedado excluidas de esta recopilación --y que en su época circularon impresas en folletos-- y la gran mayoría de sus artículos periodísticos dispersos en varias publicaciones, con el fin de recuperar un testimonio importante del pensamiento católico en el Perú del siglo XIX. Más aún cuando Roca y Boloña parece haber sido una persona de privilegiada capacidad intelectual, según el testimonio que nos ha dejado un amigo y admirador suyo, Gonzalo Herrera, en un artículo necrológico: «La conversación de Mons. Roca era interesantísima. Su erudición literaria, su ciencia teológica; su ilustración general, su memoria privilegiada, su sencillez y su virtud cautivaban fácilmente». Y sobre las dotes oratorias del predicador limeño, que constituían medio adecuado para hacer llegar al corazón de los oyentes una doctrina profunda y elevada, dice el mismo G. Herrera: «La declamación de Mons. Roca era también, como la de Bossuet, bastante original. No era, si se quiere, todo lo artística que pudiera haber sido; pero era particular. Cierta nerviosidad tan natural en él; cierto entusiasmo como repentino que se apoderaba de él; cierto agitamiento fonético que empleaba en las partes solemnes del discurso; cierta majestad en su aspecto y un tino especial para dar a cada palabra la entonación correspondiente; unción sobre todo y grave recogimiento sacerdotal que, precedidos de la buena reputación de Mons., hacían ratificar la máxima retórica: "el orador es el hombre de bien dotado del don de la palabra".

Se puede encontrar en los sermones de Mons. Roca y Boloña algunas aproximaciones teológicas interesantes que, si bien no son totalmente originales, si hablan de una asimilación profunda, reflexiva y meditada de los misterios de la fe. Recordemos que Roca y Boloña fue formador de seminaristas y profesor de teología. Lo interesante de sus sermones en este aspecto no es tanto el aspecto sistemático, sino más bien la presentación de una doctrina en forma pastoral y apuntando a la vivencia y puesta en práctica de la Palabra. Es por eso que más que de exposiciones de teología, podemos hablar de piezas de espiritualidad, de una teología predicada para ser vivida.